Fermée en 2013, HI a rouvert sa mission en Ouganda à l’été 2017 pour venir en aide aux nombreux réfugiés présents dans le pays, dont la grande majorité a fui le conflit au Soudan du Sud. L'association travaille en particulier pour les réfugiés ayant des besoins spécifiques (personnes handicapées, âgées, femmes seules avec enfants, enfants isolés, etc.) et favorise leur accès aux services dans les camps de réfugiés.
HI apporte aux réfugiés vulnérables un soutien psychosocial et des services de santé mentale. Beaucoup d’entre eux ont en effet vécu des expériences très traumatisantes, que ce soit comme victimes ou comme témoins. Nous fournissons également des soins de réadaptation pour favoriser l’autonomie des personnes handicapées, des services d'éducation pour garantir l'accès à la scolarité des enfants handicapés, ainsi que l'autonomisation socio-économique et la protection sociale de certaines des communautés les plus marginalisées et les plus vulnérables.
En 2019, HI Ouganda a lancé un projet innovant, utilisant la télémédecine et des imprimantes 3D pour créer des orthèses (attelles et appareils orthopédiques) pour les réfugiés blessés ou handicapés.
Depuis 2020, HI répond à la pandémie de COVID-19 en cours en Ouganda en fournissant un soutien structurel de santé, un soutien en santé mentale et en réduisant les impacts socio-économiques sur les ménages vulnérables.